然而，衙口的施氏大宗祠毁掉后的第三年，施琅就在青阳择地再建。施琅勒石的重建衙口施氏大宗祠之碑载曰：“康熙癸卯，克平两岛。乙巳择地青阳，再建祠宇，方落成而余适进京授内大臣。甲寅之变，复毁于贼。”这就是说，康熙乙巳四年（1665），施琅移建施氏大宗祠于青阳，它是在施琅升任福建水师提督后于康熙癸卯二年（1663），带兵克平被郑成功之子郑经所盘踞的厦门、金门两岛的局势下建造的。从宗祠移建于青阳来看，可说明其时青阳是没有被划入“迁界”的范围之内，否则，施琅绝不会在此再建宗祠，恐怕也不允许建造。此宗祠前后建造四年，到康熙七年（1668）才落成，这年正是施琅进京授内大臣。可惜这座大宗祠存在的时间也不长，到康熙甲寅十三年（1674）又遭毁废。因这年爆发了平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠的“三藩之乱”，郑经亦与据守福建的耿精忠发生战斗，青阳的施氏大宗祠就是毁于这次战乱。 

　　过了十多年，施琅在其故里南浔（衙口）又大兴土木，重建了施氏大宗祠。对这次的重建，他在重建碑中有较详细地叙述： 

　　辛酉秋，余复奉命专征。癸亥，澎湖、台湾海疆底定，封靖海侯，世袭罔替。余惟国事勾当，祖灵未妥为念。丁卯冬，复建是祠于祖里，越戊辰秋告成。今以己巳季春二十六日奉主入庙，楹几聿新…… 

　　碑文清楚地介绍说，衙口施氏大宗祠是在康熙丁卯二十六年（1687）冬开工重建，戊辰二十七年（1688年）秋就告成，前后两年，实际还花费不到一年的时间。这次重建，是在康熙癸亥二十二年（1683）施琅率军平定澎湖、台湾的明郑政权后进行的，有着三个有利条件：一者，施琅立下大功，受康熙皇帝加授靖海将军、封靖海侯，世袭罔替，很是光彩荣耀；二者，取消海禁，实行展界，迁民回归，可得族人协力襄助；三者，康熙二十六年（1687年），施琅虽仍任福建水师提督，已无重大军事行动而驻扎在厦门，既有时间和精力来筹划重建之事，又厦门距离南浔（衙口）不很远，能够多给予关顾。所以，施氏大宗祠移建青阳前后花了四年时间，而这次在南浔（衙口）的重建实际上只花费不到一年的时间。 

                                                                                                              （来源：晋江文史散论）