主要承担传染病、寄生虫病和地方病、慢性非传染性疾病等的预防与控制；突发公共卫生事件应急处置；疫情及健康相关因素信息管理；职业危害因素控制、食源性疾病预防与控制及公共营养；实验室检测与评价；健康教育与健康促进；技术指导与应用研究等。

中心人员编制261人（含卫生监督所），目前员工117人（不含卫生监督所，下同），在编员工104人，临时聘用人员13人。在编员工中各类专业技术人员103人（其中卫生技术人员98人）。

中心占地面积11483平方米，建有卫生检测大楼和实验综合大楼各一幢，总建筑面积21041.6平方米，其中实验室面积7390平方米。现有各类仪器设备944台（件），其中50万元以上仪器设备18台，包括液相色谱-质谱-质谱联用仪、气质联用仪、高效液相色谱仪、气相色谱仪、电感耦合等离子体质谱议、离子色谱仪、实时荧光PCR仪、荧光定量PCR仪、全自动医用PCR分析系统、全自动病毒载量检测系统、全自动核酸提纯及荧光PCR分析系统、流式细胞仪。拥有百级净化实验室2套，各型生物安全实验室15个，其中4个BSL-1实验室，11个 BSL-2实验室（2套负压P2实验室）。

检测能力：中心检测能力涉及11个检测领域594个检测参数、752个方法标准；涉及食品、食品接触及包装材料、生活饮用水及其水源、生物材料、职业卫生等检测领域。生活饮用水检测项目覆盖水质常规指标及扩展指标（97项），中心目前能检测法定传染病28种，传染病病原89种，包括甲类传染病2种（传染病病原2种），乙类传染病21种（传染病病原25种），丙类传染病5种（传染病病原19种），其他传染病病原43种，覆盖卫健委、国家发改委规定的县级疾控机构检测能力要求。于1998年通过实验室资质认证（计量认证），2012年通过食品检验机构资质认定；被省卫健委确认为艾滋病确证实验室，具备消毒效果评价能力。 

多年来，晋江市疾病预防控制中心在市委、市政府及主管部门关心支持下，中心领导班子团结协作，凝聚全体职工，深入贯彻落实国家法律法规政策和各项工作任务，加强内部制度建设、加强队伍素质建设、加强设施设备投入、加强实验室质量管理，不断完善各项突发公共卫生事件应急处置预案、不断探索科学管理与改革创新。此次新冠肺炎疫情防控，中心第一时间启动应急响应，成立工作领导小组，全员战疫、专人值守、梯队轮换，2020年1月23日对首例疑似病例进行采样和检测，成为全省首家开展新冠病毒核酸检测县级疾控中心，投入400多万元采购新冠病毒核酸检测，日最大检测能力达 4800个测试，为打赢疫情防控攻坚战提供软硬件保障，在我市疫情防控中发挥了十分重要的作用。

晋江市疾病预防控制中心长期致力于保障辖区公共卫生安全，在新冠肺炎、霍乱、手足口病、甲型H1N1流感、人感染H7N9禽流感、登革热等疫情处置；在鼠疫、艾滋病、结核病、麻疹、乙肝等重点传染病防控；在公共卫生健康危害因素控制、健康教育促进等工作中取得了显著的成效，得到各级党委、政府的充分肯定和群众的广泛认同。荣获2010年度福建省世行贷款英国赠款结核病控制项目先进单位、2011度福建省艾滋病疫情工作质量奖、2012年福建省结核病控制工作先进集体、2012年度福建省艾滋病防治项目干预工作质量奖、2013年度福建省寄生虫病防治工作先进单位、2013年度福建省艾滋病防治项目干预工作质量奖、2014年度福建省传染病疫情及突发公共卫生事件报告管理先进集体、2014年度福建省艾滋病防治项目干预宣传及疫情管理工作先进集体、2014年度福建省艾滋病防治扩大检测先进集体、福建省2014-2015年食品安全风险监测先进集体、2014年度福建省结核病流行病学抽样调查先进集体、2015年度福建省艾滋病干预宣教及疫情管理工作先进集体、2015年全国疾病预防控制工作先进集体、福建省“十二五”地方病防治先进集体、福建省2014-2016年度免疫规划工作先进单位、福建省2016年职业病防治项目（重点职业病监测与职业病健康风险评估）工作先进单位、2017年泉州市卫生应急技能竞赛“突发急性传染病防控”一等奖、“2020年泉州市疫情防控阻击战表现突出的先进基层党组织”、“2020年度泉州市学雷锋活动示范点”、“十三届泉州青年五四奖章集体”、2021年泉州市卫健系统新冠肺炎防控岗位职工技能竞赛团体二等奖、2020-2022年泉州市文明单位、2023年福建省首届健康科普讲解大赛二等奖、2023年泉州市卫健系统现场流行病学调查职业技能竞赛团体二等奖、2023年第五届“晋江青年五四奖章”集体。泉州市2024年职业健康技能与知识竞赛团体一等奖、2024年泉州市卫健系统突发公共卫生事件应急检测职业技能竞赛团体三等奖、第三届泉州市健康素养宣传活动暨泉州市健康素养科普比赛三等奖、2024年度泉州市“安康杯”竞赛组织工作优秀单位、第二届泉州市学生近视防控主题竞赛活动优秀组织奖。